Après les décennies 70 et 80, le processus de la reconnaissance des droits des Peuples Autochtones se poursuit. Par exemple, il y a la proposition de créer une Instance permanente sur les questions autochtones. Cette idée remonte à la Conférence mondiale de Vienne sur les Droits de l'Homme en 1993. Son établissement devient un des objectifs centraux du programme d'activités de la Décennie internationale des Peuples Autochtones (1995-2004). Deux ateliers sont alors mis sur pied pour discuter de la possibilité d'une instance permanente. Le premier se tient à Copenhague (Danemark), en 1995 (voir rapport E/CN.4/Sub.2/AC.4/1995/7) et le deuxième, à Santiago du Chili, en 1997.
En février 1999, un Groupe de travail ad hoc de la Commission des droits de l'homme se réunit à Genève pour élaborer des propositions afin de créer cette instance. Un deuxième groupe de travail ad hoc se réunit l'année suivante, en février 2000, pour élaborer une proposition pour la Commission des droits de l'homme. Lors de sa 56e session, la Commission des droits de l'Homme recommande alors au Conseil économique et social (ECOSOC) de mettre en place une instance permanente sur les questions autochtones. Le 28 juillet 2000, l'ECOSOC adopte une résolution établissant l’Instance permanente sur les questions autochtones (UNPFII). Vient ensuite la proposition de créer le Mécanisme d’experts sur les droits des peuples autochtones (MEDPA). Ce dernier est créé le 14 décembre 2007 par la résolution A/HRC/6/36 du Conseil des droits de l’homme (CoDH). Le MEPDA remplace le Groupe de travail sur les populations autochtones (GTPA) de l’ancienne Sous-Commission de promotion et de protection des droits de l’homme.
Autre création importante au niveau international est celle du Fonds de contributions volontaires des Nations Unies pour les Peuples Autochtones. Celui-ci est créé par la résolution de l'Assemblée Générale 40/131 du 13 décembre 1985. Il a comme objectif d’apporter une assistance financière aux délégués autochtones qui désirent participer aux débats du Groupe de travail sur les populations autochtones de la Sous-Commission de la promotion et de la protection des droits de l’homme. En 2001, l’Assemblée générale décide d’élargir son mandat (résolution 56/140) afin que des délégués autochtones puissent participer à l’Instance permanente sur les questions autochtones. Et, dans sa résolution 63/161, il s’étend au Mécanisme d’experts sur les droits des peuples autochtones et dans sa résolution 65/198 du 21 décembre 2010, aux sessions du Conseil des droits de l'homme et des organes de traités sur les droits de l’homme.
En 2001, surgit également l’idée de la création d’un Rapporteur spécial sur les droits des peuples autochtones par la Commission des droits de l’homme. Par la résolution A/HRC/6/L.26 du 24 septembre 2007 présentée par le Guatemala, le Conseil renouvèle le mandat du Rapporteur Spécial sur la situation des droits de l'homme et des libertés fondamentales des Peuples autochtone. Lors de sa 15ème session, le 20 septembre 2010, le Conseil adopte sans vote une résolution modifiant la dénomination en «Rapporteur spécial auprès des Nations Unies sur les droits des peuples autochtones», un mandat actuellement effectué par Madame Victoria Tauli Corpuz.
Par la suite, après plus de 30 ans de débats et de travaux, le projet d’une Déclaration sur les droits des peuples autochtones devient une réalité. Le 29 juin 2006, le Conseil des droits de l’homme adopte la Déclaration des Nations Unies sur les droits des Peuples Autochtones et se cristallise ce texte normatif international par l’Assemblée générale le 13 septembre 2007. Bien que la déclaration n’ait pas de force contraignante, elle contienne des principes généraux majeurs pour la promotion et pour la défense des droits des Peuples Autochtones.
Finalement, comme autre évènement marquant, on peut compter la première Conférence mondiale sur les Peuples Autochtones qui s’est tenue le 22 septembre 2014 à l’ONU à New York. Il s’agit d’une conférence de 2 jours avec les États membres et les Peuples Autochtones. La réalisation de cette conférence a été décidée le 16 novembre 2010, lors de la troisième commission de l’Assemblée générale des Nations Unies (résolution A/C.3/65/L.22/Rev.1). Il s’agit d’une session plénière de haut niveau de l’Assemblée générale. Une grande préparation a été mise en place par les délégués autochtones de 7 régions du monde en vue de la conférence. Une réunion s’est tenue en juin 2013 à Alta en Norvège afin d’établir une position commune. Il en est ressorti le « Document final d’Alta », lequel contient des recommandations aux États. L’initiative de cette réunion a été mise en place par le Parlement Sami de Norvège.